Sim. O cadastro no CNPJ não se confunde com a marca nem traz nenhuma forma de proteção sobre ela. O CNPJ é um cadastro para comprovar a existência jurídica de uma empresa, muito utilizado para fins tributários. A marca é o sinal composto de nome, imagem ou conjunto de ambos para identificar produtos ou serviços perante seu público.
Assim, é possível existir marca sem CNPJ, e existir CNPJ sem marca. Além disso, uma única pessoa física ou empresa podem ter várias marcas, sem nenhum problema.